O Instituto Fonte para o Desenvolvimento Social é fruto da união, em 24.10.2002, de duas organizações da sociedade civil sem fins lucrativos com finalidade social e missão semelhantes: o Instituto Christophorus e o F.O.N.T.E. (Fomento Nacional para o Terceiro Setor).

O Instituto Christophorus foi fundado em 9 de junho de 1973 por um grupo de empresários que se sentia satisfeito com o desempenho econômico das suas empresas, mas incomodado com o fato da pobreza ao redor das suas empresas persistir. O Instituto Christophorus no decorrer de sua trajetória passou por duas grandes fases distintas: na primeira fase, dedicou-se a contribuir para que o ambiente dentro das empresas se tornasse mais humano e realizador; na segunda fase, a partir de meados dos anos 90, dedicou-se a potencializar a atuação de iniciativas sociais. A transição para a nova fase foi impulsionada com o apoio da Ashoka Empreendedores Sociais, a partir de 1998. A consultoria de desenvolvimento foi a principal forma de intervenção do Christophorus, embora tenha realizado freqüentemente cursos e seminários. A abordagem (ou metodologia) do Christophorus esteve sempre baseada na Pedagogia Social, também conhecida como Ecologia Social, sob influência de uma organização holandesa similar chamada NPI Nederlands Pedagogisch Institut. O próprio Christophorus foi fundado com o nome de NPI Brasil. O Instituto foi um dos principais fomentadores da Pedagogia Social no Brasil, tendo participado da coordenação de inúmeros seminários e vários livros publicados.

O F.O.N.T.E. foi criado em 1999 por um grupo de consultores a partir do estímulo de alguns líderes do Terceiro Setor. Surgiu da institucionalização de um projeto de apoio ao desenvolvimento de 25 organizações de São Paulo, chamado Projeto DIES - Desenvolvimento Institucional de Entidades Sociais. Esse projeto foi financiado pela Fundação Orsa e pela Fundação Kellogg. O F.O.N.T.E. contribuiu para a formação de líderes e para o fortalecimento de organizações que hoje são influentes na sociedade, através de consultoria e novos projetos, como o Gestão (uma reedição do DIES) e o Manuais. O Projeto Manuais gerou uma coleção de sete livros sobre gestão de organizações da sociedade civil que já está na sua 3ª edição e tornou-se uma referência bibliográfica fundamental no Terceiro Setor brasileiro. A coleção trata de temas como avaliação, planejamento, elaboração de projetos, captação de recursos, comunicação e gestão financeira. O F.O.N.T.E. também trouxe para o português a primeira série de livros relacionada ao desenvolvimento de conselhos e diretorias de organizações sociais, em parceria com o BoardSource, de Washington.

Os profissionais das duas organizações sempre trabalharam juntos e concluíram que a fusão poderia potencializar a sua atuação no mundo. Surge, então, o Instituto Fonte para o Desenvolvimento Social, com maior abrangência de atuação e força institucional.